Dimamo e Zagrebit ishte një nga kundërshtarët që Skënderbeu dëshironte të shmangte në fazën “play-0ff” të Championsit për shkak të historisë dhe nivelit të lartë të kampionëve të Kroacisë, të cilët kanë patur sukses edhe në epokën e ish-Jugosllavisë. Dinamo e Zagrebit është themeluar më 9 Qershor të vitit 1945 dhe vetëm dy vite më pas arriti të shpallej kampion i ish-Republikës Federale të Jugosllavisë.

Pavarësisht konkurrencës së fortë në kampionatin jugosllav, e përsëriti këtë sukses edhe në vitet 1954, 1958 dhe 1982, duke lënë pas rivalë të tillë si Cvrna Zvezda apo Partizan i Beogradit. Para vitit 1991, klubi më i suksesshëm kroat arriti të fitonte 7 herë Kupën e Jugosllavisë, transmeton supersport.

Pas shpërbërjes së Republikës Federale të Jugosllavisë, Dinamo e Zagrebit e ka dominuar kampionatin e Kroacisë, duke fituar plot 17 tituj kampion dhe 13 kupa të vendit. Që nga viti 2000, president i klubit është Zdravko Mamic, ndërsa aktualisht skuadra drejtohet nga trajneri Zoran Mamic. Dinamo e Zagrebit ka një nga tifozëritë më të zjarrta në Europë, që shpeshherë është bërë shkak për trazira sidomos në stadiumin Maksimir të Zagrebit.

Në fund të viteve 1990, Dinamo e Zagrebit ka marrë pjesë dy herë në fazën e grupeve të Championsit , ndërsa pas vitit 2000 me ndryshimin e formatit të Championsit nga UEFA është kualifikuar në fazën e grupeve pikërisht në sezonet 2004–05, 2007–08, 2008–09, 2011-2012 dhe 2012-2013. Bie në sy fakti që në asnjë rast nuk ka mundur ta kalojë këtë fazë.  Klubi i kryeqytetit kroat ka prodhur talente të mëdha si Luka Modric, Eduardo, Vedran Corluka e Niko Kranjcar, pa harruar të famshmin Zvonimir Boban.

Aktualisht pjesë e Dinamos së Zagrebit është futbollisti i përfaqësueses U-21 të Shqipërisë, Endri Cekici, ndërsa në vitin 2009 tentoi të bënte karrierë të ky ekip Emiliano Vila, por futbollisti durrsak sapo u ble Dinamo e Zagrebit u dha në formën e huazimit të Lokomotiva e Zagrebit, pa mundur të lërë gjurmë.